Comenzó su trayectoria deportiva, siempre en la demarcación de delantero centro, en el club Cruz Azul, con el que debutó en Primera División el día 22 de agosto de 1990 y en el que permaneció hasta 1992 alternando juegos con el entonces equipo filial Futbol Club. Ese año fichó por el Monterrey y dos más tarde, fue contratado por el Necaxa. Con este equipo conquistó una Recopa de la CONCACAF (1995), dos títulos del Campeonato mexicano (1995 y 1996), una Copa de México (1995) y una Supercopa de México (1995). Consagrado como uno de los mejores goleadores norteamericanos del momento, el Boca Juniors, por recomendación directa de Diego Maradona, se hizo con sus servicios en 1997. Por su parecido físico con el jugador argentino Claudio Caniggia, recibió el mote de "El Pájaro". No obstante, su paso por el fútbol argentino fue breve y apenas pudo jugar en él, pues su club tenía cubierto el cupo de extranjeros. Por ello, en 1998 regresó a su país para incorporarse al Tigres de Nuevo León. Permaneció en su plantilla hasta mayo de 2000, cuando fichó por Los Angeles Galaxy, equipo de la MLS estadounidense. Especialmente notables fueron sus participaciones en la Copa de Oro de la CONCACAF (que el combinado mexicano conquistó en 1996 y en 1998), en la Copa América celebrada en Bolivia en 1997 (competición en la que México ocupó la tercera posición y de la que él fue máximo realizador con seis tantos), en la fase final de la Copa del Mundo disputada en Francia un año más tarde (México llegó a octavos de final y Hernández marcó cuatro goles, convirtiéndose así en el mexicano con mayor cantidad de goles en una copa del mundo) y en la Copa América de 1999 (en la que su seleccionado alcanzó de nuevo el tercer puesto). En 2002 repitió presencia en el Mundial, cuya fase final se desarrolló esta vez en Japón y Corea del Sur, y en la que su equipo nacional cayó nuevamente en octavos de final a manos de su archi enemigo EUA.
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